Nestas três décadas de existência, o órgão foi gerido por sete controladores-gerais, sendo eles: Dr. Lino Martins da Silva (1993-1996 / 2001-2004 / 2005-2008); Elizabeth Righetti Morais (1996-2000); Vinícius Costa Rocha Viana (2009-2010); Antônio César Lins Cavalcanti (2010-2016); Márcia Andréa dos Santos Peres (2017-2020); Francisco Harilton Alves Bandeira (2020); e Gustavo de Avellar Bramili (2021-em exercício).